O jogo se concentra em torno de quatro órfãos da vila remota de Ur
Um terremoto abre uma caverna anteriormente escondida na caverna do altar, perto da vila de Ur, no continente flutuante.
Quatro jovens órfãos sob os cuidados de Topapa, o ancião da vila, exploram o impacto do terremoto e se deparam com um cristal de luz.
O cristal lhes concede uma parte de seu poder e os instrui a sair e restaurar o equilíbrio para o mundo.
Sem saber o que fazer dos pronunciamentos do cristal, mas ainda assim reconhecendo a importância de suas palavras,
Os quatro informam sua família adotiva de sua missão e decidiram explorar um mundo acima da área em que foram criados,
Para trazer o equilíbrio de volta ao mundo.
Suas aventuras os levam a descobrir que há um mundo inteiro além dos limites do continente flutuante sobre o qual estavam vivendo.
No mundo abaixo, eles descobrem um bruxo chamado Xande, um dos três aprendizes do lendário Archmage Noah,
está tentando possuir os cristais da luz, de modo a trazer caos e desordem.
Os quatro guerreiros chegam à torre de cristal, onde descobrem que a nuvem das trevas é a fonte dos eventos recentes.
A nuvem tenta criar uma situação semelhante à inundação de luz de milênios mais cedo, para que o mundo seja puxado para o vazio.
Os guerreiros claros atravessam o domínio dos cristais escuros para libertar os guerreiros escuros presos e derrotar a nuvem das trevas,
Restaurando assim os cristais e o equilíbrio para o mundo. No remake do DS, também existem várias "missões secundárias" que também podem ser concluídas.
A história é praticamente a mesma na versão DS,
Mas com algumas grandes diferenças na sequência introdutória: Luneth vai para a caverna do altar sozinha,
Mas enquanto explora, ele tropeça e cai em um buraco criado pelo terremoto.
Ele é então assumido por goblins e, enquanto procura freneticamente uma saída, ele entra no cristal do vento.
Diz a ele que ele foi escolhido como um guerreiro da luz, destinado a restaurar o equilíbrio para o mundo, e há outros três como ele,
Mas antes que Luneth possa pedir para elaborar, ele é teleportado para a superfície.
Ele retorna a Ur, mas o Élder Topapa não elucide muito sobre o assunto.
Indo para um canto da cidade, Luneth encontra seu amigo arco sendo intimidado por algumas das crianças.
Quando Luneth intervém, o ARC foge, indo para a vila de Kazus.
Vamos para a Ultimate Battle: Final fantasy
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