A história gira em torno de dois deuses: cosmos e caos ..
Além dos deuses e seus campeões, o jogador também lida com doppelgangers de cristal chamados manikins.
A história " Final Dissidia for Fantasy " gira em torno de dois deuses: cosmos, a deusa da harmonia e o caos, o deus da discórdia.
O jogo tem uma história abrangente que exige que todos os personagens sejam concluídos.
O jogo contém vinte e dois personagens jogáveis totais: dez heróis e dez vilões,
um de cada representando as finais fanta através do Final Fanta X,
e dois personagens secretos: uma heroína representando Final Fanta Xi,
e um vilão representando as finais Fanta XII. Inicialmente, apenas os dez principais heróis são jogáveis em todos os modos de jogabilidade.
Os dez principais vilões são jogáveis no modo Arcade, mas ainda devem ser desbloqueados para acesso em todos os outros modos de jogabilidade.
O Cosmos e o caos de Deus foram trancados em conflito eterno com "World B",
uma dimensão espelho para o reino do "mundo A" onde a primeira fantasia acontece,
Invocando vários guerreiros de outros mundos da série principal para a batalha em um ciclo interminável de morte e renascimento até que o saldo seja inclinado em favor do caos.
O jogo une protagonistas e antagonistas de parcelas da série Final Dissidia for Fantasy ,
Suas histórias narradas pelo CID de Lufaine do segundo jogo.
Como a guerra parece estar chegando ao fim, os dez Warriors of Cosmos se reúnem para revidar os lacaios de Chaos e restaurar o equilíbrio.
Tendo perdido muito de seu poder no ciclo anterior, Cosmos dá a seus dez guerreiros de luz, Firion, cebola Knight, Cecil, Bartz, Terra, Cloud, Squall, Zidane,
e Tidus - a tarefa de recuperar os dez cristais que os ajudarão a derrotar o caos.
Cada um deles partiu em uma jornada chamada "Destiny Odyssey", onde suas respectivas histórias são contadas e se interligam.
Durante seus "Destiny Odysseys", os heróis encontram seus vilões pessoais,
Derrotá -los através de epifanias sobre si mesmas que os ajudam a obter seus cristais.
Após o "Destiny Odysseys" é o "Sombro Impulse", onde todos os dez guerreiros estão em posse de seus cristais,
Mas chegue tarde demais para salvar Cosmos, que é morto pelo caos.
Os heróis começam a desaparecer, mas são salvos pelo poder dos cristais,
permitindo que eles usem a que horas restam para atacar contra os vilões e derrotar o caos de uma vez por todas.
No final, os outros guerreiros deixam o mundo A por seus próprios mundos, a luz guerreiro embarca em outra aventura,
Configurando os eventos da fantasia original e o Cosmos revive para reinar sobre o mundo B.
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